Το αλκοόλ έχει σημαντικές επιδράσεις στο γεννητικό σύστημα τόσο του άνδρα όσο και της γυναίκας . Έχει βρεθεί ότι στους άνδρες δρα επιβαρυντικά στις αναπαραγωγικές τους ορμόνες και στην ποιότητα του σπέρματος, προκαλώντας έτσι υπογοναδισμό και στειρότητα σε καταστάσεις χρόνιας κατάχρησης. Οι επιδράσεις του αλκοόλ είναι εξίσου σημαντικές και στο γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα. Υπερβολική κατανάλωση αλκοόλ σχετίζεται με μειωμένη γονιμότητα στις γυναίκες και μπορεί να προκαλέσει ακόμη και στείρωση. Φαίνεται ότι το αλκοόλ διαταράσσει την ωρίμανση του ωαρίου, την ομαλή ωοθυλακορρηξία, την ανάπτυξη της βλαστοκύστης και την εμφύτευση στη μήτρα.